第一条主线围绕着水族与陆地妖族的故事展开。于水族修道者修行至关重要的化龙池干枯，便有想修为更进一步的水族寻道教圣地三清山的丹药突破。龙九（龙鲤）因身负龙族血脉求丹途中被盘山洞万蛇老祖所擒欲吞其血肉，被困时得玄麟解救，同时表兄敖泽前往营救。由此引出了敖泽（黄龙），玄麟（玄蛇），映修（古丹井井仙）等人的生死情仇。第二条主线围绕着三清山在宗门地界与妖族对抗的同时，试图抵御卷土重来、意图借着因云坤真人历劫致使风雷塔倒塌产生的空间裂缝入侵奴役所有人类的天魔的威胁。三清山一线的故事主要出自云坤真人的弟子景瞻的视点。第三条主线则设定为仙凡之恋——主要围绕着凡人孟屹奇与瑶姬相恋的故事。这条故事线为爱情线。在小说前期，以点的形式参与其他主线，戏剧冲突设置在后卷，主要出自屹奇与瑶姬的视点。 三清山问妖实录
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